Paulo Peixoto é licenciado (1994), mestre (1997) e doutorado (2007) em Sociologia pela Universidade de Coimbra.
É investigador no Centro de Estudos Sociais (CES) da Universidade de Coimbra, onde integra e coordena o Núcleo Cidades, Cultura e Arquitetura e o Observatório das Políticas de Educação e Formação.
É professor no programa de doutoramento Patrimónios de Influência Portuguesa (III/CES) da Univerisdade de Coimbra (desde 2010) e professor auxiliar de Sociologia na Faculdade de Economia da mesma universidade, onde leciona nas Licenciaturas em Sociologia e Economia e nos programas de mestrado e doutoramento em Cidades e Culturas Urbanas, assim como no doutoramento em Sociologia.
Incorpora a Rede Brasil-Portugal de Estudos Urbanos, executa projetos de investigação sobre património e turismo e sobre ensino superior e desenvolve atividades de extensão coordenando a avaliação de projetos de intervenção social e de políticas públicas. É diretor da Ensino Superior – Revista do Sindicato Nacional do Ensino Superior (SNESup), subdiretor da Faculdade de Economia da Universidade de Coimbra (FEUC) e membro das Direções da Associação para a Extensão Universitária e do Sindicato Nacional do Ensino Superior.
Tem desempenhado diversas funções de gestão no CES, na FEUC e no SNESup. Os seus interesses de investigação centram-se nos domínios das cidades e culturas urbanas, património, turismo, exclusão, violência urbanas, ensino superior e políticas de educação e ciência. É autor de vários livros, capítulos de livros e artigos, dentro dos seus âmbitos de estudo.