Fernanda Bicalho é licenciada em História pela Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (1981), mestre em Antropologia Social pelo Museu Nacional – Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), doutorada em História Social pela Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da Universidade de São Paulo (1997) e Pós-Doutorada no Instituto de Ciências Sociais da Universidade de Lisboa (2007).
É professora no programa de doutoramento Patrimónios de Influência Portuguesa (III/CES) da Universidade de Coimbra (desde 2015), professora associada no Departamento de História da Universidade Federal Fluminense – na qual foi coordenadora do Programa de Pós-graduação em História (entre 2010 e 2013) – e professora convidada na Universidade de Provence Aix Marseille (desde 2009).
É bolseira de Produtividade do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e tecnológico (desde 2001), e cientista da Federação das Associações das Favelas do Estado do Rio de Janeiro (2012-2014). Participa em várias redes de pesquisa nacionais e internacionais, com destaque para dois projetos internacionais (que integra como pesquisadora associada), com sede no ICS-UL e financiados pela FCT (Portugal) e um terceiro sediado na Casa Velásquez (Espanha), financiado pela Agence Nationale de France.
Entre as áreas de atuação, destaque para a História Política do Brasil colonial, na qual desenvolveu trabalhos e ministrou cursos sobre o Rio de Janeiro nos séculos XVII-XIX, redes de poder e administração do império português, poderes, instituições e elites locais na América, órgãos políticos centrais da monarquia portuguesa, com destaque para o Conselho Ultramarino. Tem também experiência na área de História Urbana e do Urbanismo.